Najstarszym, choć do dziś nie dochowanym, kościołem w Kłodawie była kolegiata, przy której istniało zgromadzenie przełożonych zakonu kanoników. Nosiła imię świętego Idziego. Nadano ją kanonikom regularnym w roku 1429. Do majątku zakonników należał kościół, dom klasztorny, w którym mieszkali, folwark o powierzchni 3 włók (51 ha), dwa wiatraki, szpital. Kościół zbudowany był w stylu romańskim, z małą wieżą, sygnaturką. Wewnątrz posiadał półokrągłą absydę, czyli część zawierającą ołtarz. Choć mniejszy, podobny był do kościoła św. Andrzeja w Krakowie.
Świątynię polecił wybudować w roku 1085 książę Władysław I Herman (panujący w latach 1079-1102) jako wyraz wdzięczności za to, że jego żona Judyta w roku 1085 urodziła długo oczekiwanego syna Bolesława, zwanego później Krzywoustym. Modlitwy na intencję książęcą odprawiali benedyktyni francuscy w klasztorze w Langwedoku, gdzie spoczywały zwłoki świętego Idziego, i Kanonicy regularni stanowili zespół duchownych wyższych stopni, którzy w swym życiu realizowali zasady pierwotnego chrześcijaństwa, opierając się na regule św. Augustyna, stąd ich nazwa. Do Kłodawy sprowadzeni zostali z Trzemeszna. Ubrani byli w białe sutanny. Na czele kolegium kanoników stal proboszcz. Jemu podlegał przeor zakonny.
W roku 1469 do klasztoru w łączono probostwa w Rdutowie i Sobótce. Według zapisków z 1521 roku w skład parafii kłodawskiej wchodziły: miasto Kłodawa oraz wsie Pomorzany, Krzewata, Dzięciołów, Górki, Wola Rgilowa (obecnie Wólka Czepowa), Straszków, Straszkówek, Głogowa. Powyższe miejscowości świadczyły klasztorowi dziesięcinę w naturze lub w pieniądzach. Do tego też były zobowiązane wsie Chodów, Biesiekierz w parafii Gieczno, Borysławice Kościelne, Zamkowe, Domaników.
Do roku 1429 kościół św. Idziego był zwykłym kościołem parafialnym. W 1429 r. król Władysław Jagiełło za zgodą arcybiskupa gnieźnieńskiego Wojciecha Jastrzębca oddał go kanonikom regularnym, podnosząc równocześnie do godności kolegiaty zakonnej.

Klasztor wspomagali darowiznami między innymi: Maciej Rgilewski z Cząstkowa (1608), Rożen - dziedzic z Turzynowa (1627), Jan Łętowski z Krzewaty (1653), Wojciech Zboiński -wójt z Kłodawy (1710), Śledziński na Zawadce (1722), Maciej Kronowski na Krzykosach (1759), Antoni Krosnowski na Bierzwiennie (1787).
Kolegiata uległa poważnemu zniszczeniu w czasie potopu szwedzkiego 1655-1660. Dalsze zniszczenia miały miejsce w XVIII wieku. Z tego powodu uległa likwidacji na początku XIX wieku, mianowicie 12 grudnia 1809 r. prymas Ignacy Raczyński zmienił ją w kościół parafialny, a jej majątek przejęli proboszczowie kłodawscy. 29 sierpnia 1818 r. namiestnik Królewstwa Polskiego, generał Zajączek, ustanowił kościołem parafialnym przyklasztorny kościół Karmelitów i ten stan utrzymuje się do dziś, natomiast budynek kolegiaty przeznaczono na rozbiórkę, a z uzyskanej cegły powstał nowy ratusz, obecnie siedziba Milicji Obywatelskiej.
U szczytu świetności kolegiaty jej proboszczem był Sędziwój z Czechla, kanonik gnieźnieński, profesor Akademii Krakowskiej. Był to wielki uczony, największa postać w dziejach Kłodawy w okresie przedrozbiorowym. Nieznany jest rok jego urodzenia, zmarł natomiast w Kłodawie w roku 1478. W latach 1423-1429 studiował w Akademii Krakowskiej, uzyskując tytuł magistra sztuk wyzwolonych. Wykładał w swojej macierzystej uczelni matematykę i astronomię. W roku 1440 został kanonikiem regularnym, odbył podróż do Włoch, Bazylei, Paryża, gdzie w latach 1441-1444 studiował w Sorbonie. W roku 1450 zrezygnował ze stanowiska w kapitule gnieźnieńskiej i przybył do Kłodawy. W latach 1458-1406 był proboszczem kolegiaty. Dbał o powiększenie księgozbioru jej biblioteki, wcześniej prowadzonej przez Pawła Włodkowica z Brudzewu (1370-1435), uczonego i dyplomatę, po roku 1424 proboszcza kolegiaty. Sędziwój z Czechla w roku 1466 zakończył pracę nad gromadzeniem kolekcji materiałów historycznych, największego zachowanego zbioru dokumentów późnego średniowiecza.

W bibliotece znalazła się m.in. kopia kroniki Galla Anonima, którą przekazał przyjacielowi i historykowi Janowi Długoszowi, odwiedzającemu go w Kłodawie. Proboszcz Sędziwój, jako ekspert w sprawach krzyżackich brał udział w pracach zespołu królewskiego w Brześciu Kujawskim (1463) i rokowaniach toruńskich (1466). Jan Długosz dedykował mu ,.Żywot świętego Stanisława".
Zgromadzenie kanonik ów regularnych z chwilą przybycia do Kłodawy objęło nadzór nad szkółką parafialną, która z chwilą ustanowienia kolegiaty (1429) stała się szkołą kolegiacką. Uczono w niej języka łacińskiego, liturgii, śpiewu, katechizmu. Do podniesienia poziomu szkoły przyczynił się głównie Sędziwój z Czechla w okresie swego pobytu w Kłodawie Będąc profesorem Akademii Krakowskiej zapewnił obsadę nauczycielską na wysokim poziomie, sprowadzając stamtąd specjalistów. W takiej sytuacji szkoła została uznana za filię Alma Mater Jagiellonica. Od roku 1516 posiadała swojego rektora. Mieściła się między rezydencją kanoników a szpitalem w pobliżu rzeki Istniała do roku 1752. Wykładali w niej miedzy innymi Sędziwój z Czechla, Grzegorz Vigilancjusz z Sambora, który pełnił też funkcję rektora, a uczyli się np. Marcin Żyła (Nervicius), późniejszy profesor Akademii Krakowskiej, kaznodzieja króla Zygmunta Augusta, Sebastian Żyto, profesor Akademii Krakowskiej, kaznodzieja katedry wileńskiej. O tradycjach naukowych Kłodawy świadczy fakt, że w latach 1364-1514 na Akademii Krakowskiej studiowało 21 kłodawian.
Po upadku szkoły kolegiackiej i kasacji kanoników regularnych nauczanie przejęli karmelici w r 1811. W prowadzonej przez nich szkole parafialnej w r. 1826 było 77 uczniów. W r. 1897 kosztem miasta postawiono nowy gmach, istniejący dotąd, zajmowany przez Szkołę Podstawową nr 1. Fotografie jego w r 1918 w dużym nakładzie wydal kłodawski aptekarz Józef Lewandowski.